Come ci narra Giuseppe Tassini, la chiesa fu costruita nei primi tempi dopo la fondazione di Venezia, e divenne subito parrocchiale. Fu ricostruita nel 1028 dalle famiglie Barbarigo e Caravella. Nel 1105 la chiesa fu rinnovata. Crollò nel 1583 e dal 1584 fu ricostruita in sette anni; la consacrazione avvenne nel 1657. Una caratteristica singolare dell'edificio è la doppia facciata, una rivolta verso il Campo San Trovaso e l'altra verso il rio omonimo. Il 18 giugno 1785 un "alunno di detta Chiesa", Antonio Vescovi, diresse una messa e un vespro con orchestra, da lui composti. La chiesa custodisce un Organo Callido (1765) a due tastiere e 32 registri, sistemato su una cantoria lignea molto spaziosa. Nel bassorilievo marmoreo del Maestro di San Trovaso (1470) si vedono due liuti, un tamburello e una viella. Nelle Nozze di Cana di Andrea Vicentino, una rara raffigurazione di flauto traverso rinascimentale (avrebbe dovuto avere solo sei fori e ne ha invece molti di più) con un cantore e una viola da gamba: potrebbe rappresentare l'esecuzione di una frottola (in campo musicale, la frottola è il genere predominante di canzone popolare italiana nel corso di tutto il XV secolo e degli inizi del XVI secolo; il maggior numero di frottole fu composto dal 1470 al 1530).