Durante el período del dux Jacopo Tiepolo (1229-1249) en el 1231 "... Alli Fratti poi Minori fu similmente donado dal Comun un terren vacuo posto in Contra' de San Stefano Confessor detto de San Stin, dove fu anche intitola' una Chiesa de Santa Maria de' Frati Minori, e ghe fu fatto un Monastero".
Los frailes franciscanos trabajaron para limpiar el llamado “lago Badoer” un terreno pantanoso en localidad de San Stefano Confesor (San Stin) que se convierte en el lugar donde nacen la primera iglesia dedicada a la Virgen, que los venecianos llamaron Santa María dei Frari y el antiguo monasterio. Esta primera iglesia resultaba insuficiente para los fieles que acudían a misa, entonces el 28 de abril del 1250 fue puesta la primera piedra de la nueva, segunda iglesia dedicada a Santa María Gloriosa.
Después de casi ochenta años la iglesia resulta nuevamente pequeña y alrededor del año 1330 iniciaron los trabajos que terminarían en el 1396, de la nueva iglesia, la tercera erigida por los franciscanos. La iglesia fue consagrada el 27 de mayo de 1492 con el nombre de Santa María Gloriosa. A dar énfasis a la construcción y decoración de la iglesia, fue la familia Pesaro, a la cual en el año 1478 fué concedida la sacristía como capilla gentilicia de familia y lugar de sepultura, fue erigida la novena abside con forma pentagonal y terminado el altar mayor, decorado con la célebre obra de Tiziano “Assunta” y en la nave lateral fue colocado el altar de los Pesaro, con la homónima pala.
En el siglo XIX los franciscanos fueron alejados de la iglesia y a ellos mismos posteriormente les fue devuelta en el año 1922.